В своем наиболее развернутом виде онтология в классической философии развивалась в системе Гегеля. Причем Гегель изначально исходил из тезиса о совпадении бытия и мышления, следовательно о совпадении онтологии и логики. Поэтому изложение онтологии происходит в его главном труде «Наука логики». Здесь мы встречаемся даже не просто с самым развитым вариантом онтологии, а с самым развитым вариантом спекулятивной метафизики. Она предшествует гегелевской философии природы, подчиняя себе последнюю. Фактически на новом этапе налицо возвращение к схеме Аристотеля, который различал первую философию, или теологию (метафизику), занимавшуюся исследованием первоначал, и вторую философию (или физику), занимавшуюся изучением основ природного бытия. Близок Гегель и Николаю Кузанскому, особенно в аспекте своих диалектических построений.

Однако Гегель разительно отличается от обоих предшественников, даже от Аристотеля с его попытками онтологизировйть законы классической формальной логики. Здесь рационализм классической философии достигает предельной степени и изживает сам себя. Гегель, в противовес Канту, осуществляет попытку создания традиционной метафизики как науки. Соответственно, в начале системы стоит Абсолют, который понимается как божественное в его вечной сущности, как истина сама по себе.

Абсолют у Гегеля тождественен тому, что он называет «логической идеей», и представляет собой процесс реализации, разворачивания исходной свернутой полноты этой идеи, разные стадии, которого Гегель и описывает в своей системе.

Вначале Абсолют развивается как «идея-в-себе или идея как логос», исследованием этого занимается логика, в рамках которой разворачиваются все предельные категориальные характеристики бытия. Далее абсолют реализуется как «идея-вне-себя» (философия природы) и завершается «идеей в себе и для себя», или как «идея, вернувшаяся к себе» (философия духа). Соответственно, философия природы у Гегеля — это особый период отчуждения идеи на пути к самопознающему Духу.

Понятно, что именно логика представляет собой подлинную онтологию Гегеля. Внутри логики выделяются, соответственно, логика бытия, логика сущности и логика понятия. Логика бытия подразделяется на логику качества, количества и меры. Понятие качества совпадает с определенностью вещи, количество — это то, изменения чего безразличны к качественной определенности. Мера есть синтез, снимающий противоречие качества и количества и совпадающий со структурной определенностью вещи, имеющей числовое воплощение.

Таким же диалектическим образом по принципу «тезис—антитезис—синтез» строится вся понятийная система Гегеля. В учении о бытии мысль еще абстрактна и категориально замкнута на саму себя, т.е. разворачивается внутри своего особого мысленного пространства, формируя логико-смысловой каркас и будущего природного мира, и человеческой истории, и индивидуального познающего мышления. Здесь в идеальной форме уже наличествует все, чему в мире вещей и исторических событий суждено будет сбыться.

Соответственно, по закону гегелевской триады бытие (тезис) должно быть отчуждено, опредмечено в материальном мире (антитезис) и снято в результате духовного самопознания, обогатившись конкретным содержанием всех пройденных ступеней (синтез).