Наиболее трудная проблема философии Декарта - отношение души и тела человека. Если у животных нет души, и они представляют собой бездушные автоматы, то в случае человека это очевидным образом не так. Человек способен управлять своим телом с помощью ума, а ум - испытывать на себе влияние таких разных по природе субстанций. Душа едина, непротяженна и неделимо. Тело протяженно, делимо и сложно. Декарт, проявлявший большой интерес к успехам тогдашней медицины, отнесся с особым вниманием к шишковидной железе, расположенной в центральной части головного мозга, и связал с ней место, в котором душевная субстанция взаимодействует с телесной. Хотя душа как начало непротяженное и не занимает места, но она "пребывает в указанное железе, которая есть "седалище души". Именно здесь материальные жизненные духи и вступают в контакт с душой. Раздражение из внешнего мира передается по нервам в головной мозг и возбуждает пребывающую там душу. Соответственно, самостоятельное возбуждение души приводит в движение жизненные духи, и нервный импульс завершается мышечным движением. Связь души и тела в целом укладывается в схемы, по существу, механического взаимодействия.

Основные моральные установки картезианства легко извлекаются из общей направленности его философии. Укрепление господства разума над чувствами и страстями тела - исходный принцип для поиска формул нравственного поведения в самых разнообразных жизненных ситуациях. Декарта отличает своего рода растворение феномена воли в чистом интеллектуализме. Свобода воли определяется им посредством указания на следование "логике порядка". Одно из жизненных правил Декарта звучит так: "Побеждать скорее себя самого, нежели судьбу, и менять скорее свои желания, чем мировой порядок; верить, что нет ничего, что было бы целиком в нашей власти, за исключением наших мыслей". Начиная с Декарта, новые ориентации философской мысли, в которых центральное место занимают мысль и сам человек, обретают классически ясный характер.