Так, Шопенгауэр говорит о «бессознательной космической воле», которая «не только начало, но и единственная сила, имеющая субстанциальный характер». Кьеркегор пытается противопоставить абстрактное мышление и существование личности, «радикально разъединяя мышление и существование». В результате Бог у него не философский абсолют, а живой Бог. В основе его постижения лежит вера, а не разум. Фейербах, напротив, ставит в центр всего человека, который выступает как действительное бытие, где даже Бог есть творение человеческого разума, на которое переносятся свойства человеческой личности. Однако иррационалистическая реакция на гипертрофированный рационализм (и особенно гегелевский спекулятивный идеализм и панлогизм) не единственная форма отказа от традиционных онтологии.

Во многих случаях отказ от онтологии выступал просто как абсолютизация гносеологической сущности философии (неокантианство марбургской школы) или перевод всей философской проблематики в область методологии и эпистемологии (прежде всего позитивизм первой и второй волн). Источником этого стали бурный рост естественнонаучных и гуманитарных знаний в XIX в., а также радикальные изменения общекультурной роли и влияния научного знания. Научная революция конца ХГХ — начала XX в. лишь закрепила этот несомненный «гносеологический крен» философии.

В этот же период остро встает проблема ценностей и оформляется аксиология как третий важнейший раздел метафизики, если ее понимать в классическом смысле — как теоретическое ядро философского знания. Кризис традиционных ценностей и отчетливо проявившееся ценностное измерение различных видов знания, в том числе и научного, привлекают пристальное внимание новых философских школ (баденская школа неокантианства), выдвигают новых философских кумиров, например Ницше, и академических авторитетов, например В. Виндельбанда. При этом явный недоучет ценностной проблематики в предшествовавших метафизических построениях бросает тень и на онтологию в целом — как самостоятельную философскую дисциплину.

Параллельно под метафизикой в свете новых эволюционных представлений в науке все чаще начинает пониматься такая картина природы, где последняя выглядит застывшей и неизменной во времени, т.е. метафизика отождествляется не только со спекулятивно-идеалистическими онтологнями, но и с философией природы, опирающейся на классическую ньютоновскую механику, в частности с построениями французского материализма XVІII в.

В результате всех этих процессов термины «метафизика» и «онтология» рассматриваются как синонимы и отождествляются с замкнутыми и статичными субстанциалистскими онтологиями классического типа (равно и материалистическими, и идеалистическими), приобретая отчетливо выраженный негативный оттенок.

Если негативный смысл в понятие «метафизика» и по сию пору вкладывается представителями некоторых философских школ, то указанный кризис онтологизма оказался не столь долгим, и уже в конце ХІХ — начале XX в. «на смену психологическим и гносеологическим трактовкам онтологии приходят направления, ориентирующиеся на пересмотр достижений предшествующей западноевропейской философии и возврат к онтологизму».